В конце второго акта Launch Base Zone игрок встретит первого босса последнего уровня StH3 — Ball Shooter. Эггман располагается в открытом эггмобиле, который опирается на несколько шарнир. Босса и игрока разделяет высокая стена, из которой периодически выдвигается платформа. Время от времени из стены вылетает огромный чёрный шар, который может лететь по двум траекториям — либо по низу, либо по верху. После выстрела у игрока будет пара секунд на то, чтобы добежать до платформы и с неё допрыгнуть до босса. Прибегнув к помощи Тейлза или проходя уровень за него, можно игнорировать выстрелы и быстро ударять босса в полёте, что облегчает сражение.
После 8 ударов Доктор Эггман покинет арену и Соник отправится догонять его на брошенном эггмобиле.