Blue Sphere (ブルースフィア Burū Sufia) to zbiór poziomów specjalnych zrobionych na podstawie poziomów z Sonic 3 & Knuckles. Gra zawiera 134 217 728 poziomów, lecz od 128 016 000 poziomu niektóre z nich zaczynają się powtarzać. Każdy poziom ma swój unikalny 12-cyfrowy kod.
Aby włączyć grę należy za pomocą technologii lock-on przypiąć dowolny kartridż (inny niż Sonic 2 i Sonic 3) do kartridżu z grą Sonic & Knuckles (większość gier ładuje jednak tylko jeden poziom). Po tym powinien pojawić się ekran z czterema postaciami, Sonicem, Tailsem, Knucklesem i Eggmanem, oraz napisem "No Way! No Way! No Way! No Way?" Jedną z gier pozwalających zagrać po połączeniu na wszystkich poziomach jest Sonic 1. Aby wyłączyć ekran z "No Way!..." należy wcisnąć jednocześnie przyciski A, B i C. Po tym napis zamieni się na inny (Get Blue Spheres!), pojawi się napis Start i miejsce na wpisanie 12-cyfrowego kodu.
Grywalnymi postaciami są Sonic i Knuckles. Postać można zmienić wciskając A, B lub C. Zmiana postaci jest sygnalizowana zmianą kolorów gwiazdek na kulach (niebieska dla Sonica i czerwona dla Knucklesa).
Na poziomach są dwa liczniki: po lewej stronie znajduje się licznik pozostałych niebieskich kul, a po prawej pozostałych pierścieni do zebrania. Po zebraniu wszystkich pierścieni gracz otrzymuje Perfect Bonus pozwalający na zobaczenie poziomu trudności granego przed chwilą poziomu oraz przeskoczyć o 10 takich poziomów (jednak tylko po przejściu poziomu, na którym bonus zdobyliśmy).
Poziomy trudności
- Nic
- Sonic
- Tails
- Knuckles
- Eggman
- Mecha Sonic
- Egg Robot (w Eggmobilu)
- Kurczaki
- Wiewiórki
- Króliki
- Główny Szmaragd
- Logo gry Sonic & Knuckles
- (MAX) Sonic zamienia się w Super Sonica