Los Special Stages, tambien denominados como Zonas secretos del manual de instrucciones de América, se ven por primera vez en la versión de 16 bits de Sonic the Hedgehog, donde el jugador tiene que recoger al menos 50 anillos. En este caso, el jugador tiene que luego saltar a la derecha por encima del anillo gigante detrás del cartel. Si el jugador falla, tiene que intentarlo de nuevo en el próximo acto. El jugador no puede acceder a la Special Stage después de llegar a Scrap Brain Zone, lo que significa que el jugador tiene un máximo de 10 ocasiones (6 éxitos y hasta 4 fallas) para asegurar un buen final con las seis Chaos Emeralds.
Hay seis diferentes etapas especiales en el juego y en el objetivo para el jugador es encontrar a través de la etapa especial hasta el final, donde el jugador tiene que recoger una de las seis Chaos Emeralds.
