A pesar de todo este jefe es únicamente Robotnik montado en el Eggmobile. Robotnik tiene alrededor de su vehículo siete réplicas falsas de él, las cuales las mantiene encerradas en esferas con forma de huevo. Cada vez que el jugador golpea el Eggmobile una de las esferas se abre y libera la réplica falsa de Robotnik, las cuales por dicha son fáciles de reventar usando un Spin Jump. En los diferentes juegos donde aparece Robotnik siempre idea otra forma de ataque una vez que todas las réplicas falsas de él hayan sido destruidas.
A diferencia de los otros jefes de este juego, el jugador deberá enfrentar al Flying Eggman al final del Acto 3 de Metropolis Zone. Después de cruzar un largo abismo con una plataforma flotante, el jugador ya esta listo para enfrentar al Dr. Robotnik, quien llega al lugar volando con siete pequeñas esferas girando alrededor del Eggmobile. Estas esferas protegen al Eggmobile de golpes cuando giran en complicados patrones. La batalla empieza cuando el Eggmobile desciende y comienza a moverse de un lado a otro cerca del suelo, obligando al jugador a realizar difíciles saltos sobre él. Después de eso el Eggmobile ascenderá al centro y hará que sus esferas giren alrededor de él en círculos, donde el jugador puede golpearlo desde abajo.
Si el jugador golpea el cuerpo del Eggmobile, una de las esferas se abrirá y se inflará una copia del Eggmobile y de Robotnik y al mismo tiempo que esto sucede Robotnik subirá más alto lejos del alcance del jugador. La réplica estará flotando alrededor del lugar, el cual puede ser destruido fácilmente con un Spin Jump. Entre más golpes le den al cuerpo del Eggmobile, más réplicas de Robotnik saldrán. Cuando todas las réplicas que fueron liberadas son destruidas Robotnik repite el procedimiento anterior. Una vez que destruyes todas las esferas y réplicas, Robotnik vuela hacia una esquina de la pantalla y empieza a disparar rayos lásers desde el faro en el centro de su Eggmobile. Él seguirá haciendo eso hasta que sea golpeado por octava y última vez (siete golpes son requeridos para destruir las esferas). Cuando le das el último golpe, Robotnik es derrotado y escapa de ahí, luego el jugador podrá abrir la cápsula y pasará al siguiente nivel.
Sonic 3 & Knuckles[]
La siguiente aparición del Flying Eggman sería en este juego como uno de los dos sub-jefes de Sky Sanctuary Zone. En vez de ser el Dr. Robotnik quien maneja el Eggmobile, en su lugar es Mecha Sonic quien lo maneja.
La manera de ataque en este juego del Flying Eggman es exactamente la misma al del juego anterior, solo que esta vez las réplicas falsas de las esferas son de Mecha Sonic. Al igual que en Sonic 2, hay que golpear ocho veces al Eggmobile para derrotarlo, pero con cada golpe que le das al Eggmobile, una réplica de Mecha Sonic será soltada. Una vez que le das los ocho golpes, Mecha Sonic escapará en el Eggmobile destruido y luego el jugador podrá subirse al Warp Point que aparece en el área, el cual lo transportará a la siguiente parte del Sky Sanctuary Zone.
Sonic the Hedgehog 4: Episodio I[]
El Flying Eggman vuelve a aparecer en el Episodio I de este juego, donde es el cuarto jefe que aparece en Mad Gear Zone. La manera de ataque y la apariencia del Flying Eggman en este juego es muy diferente al de los juegos anteriores. La primera parte de la batalla consiste en la misma técnica de ataque de los juegos anteriores; el jugador debe golpear siete veces el Eggmobile para destruir las esferas y las réplicas.
La parte diferente de esta batalla comienza una vez que el jugador destruye todas las esferas y las réplicas. Cuando esto sucede, Eggman usará dos grandes cohetes propulsores que tiene por debajo del Eggmobile para huir de ahí y el jugador debe seguirlo, similar a la pelea contra el jefe de Mushroom Hill Zone de Sonic & Knuckles. Durante la persecución, Eggman lanzará él mismo réplicas de él con diferentes atributos. Si lanza uno gris no sucede nada, si lanza uno azul este emepazará a rebotar más rápido y si lanza uno amarillo este aumentará a un tamaño gigante o del mismo tamaño que el Eggmobile. Eggman también deja caer bolas de picos al suelo para ralentizar al jugador. Después de darle cuatro golpes más usando el Homing Attack, el Eggmobile se destruye y Eggman se va de ahí, luego el jugador podrá abrir la cápsula y pasar al siguiente nivel.
Este jefe vuelve a aparecer más tarde en la E.G.G. Station Zone como uno de los jefes que tienes que enfrentar antes de enfrentar el verdadero jefe final. Cuando lo enfrentas pasas directo a la segunda parte de la batalla, no tienes que enfrentarlo como en la batalla del nivel anterior. Una vez que lo derrotas de nuevo pasarás a la parte donde enfrentas al jefe final del juego.
Archie Comics[]
El Flying Eggman en los Cómics de Archie
El Flying Eggman aparece también en los Archie Comics en Sonic the Hedgehog comic Issue 229, el cual es parte del arco de Genesis, donde el Dr. Eggman lo usa para luchar contra Sonic, quien viaja por Metropolis Zone para derrotarlo. Aquí Eggman ataca a Sonic soltando las réplicas de él para que persigan a Sonic.
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