In Sonic Heroes hatte Team Dark seinen ersten offiziellen Auftritt. Die Fledermaus Rouge war in Dr. Eggmans Geheimbasis eingedrungen und verschaffte sich Zugang zu einer geheimen Kammer, da sie glaubte, dort das große Geheimnis oder eine Schatztruhe zu finden.Doch dort entdeckte sie Shadow, der eigentlich für tot gehalten wurde, und befreite ihn aus seiner Kapsel, doch damit aktivierte sie versehentlich auch Omega, der Shadow für einen Roboter von Eggman hielt und sofort wild um sich schoss. Shadow brachte Rouge aus der Gefahrenzone und kämpfte gegen Omega, doch Rouge greift ein und die drei bildeten ein Team, da Omega Rache auf Eggman schwörte, Shadow sich an nichts mehr erinnern konnte und Rouge die "Schatzkammer" von dem Doktor erreichen wollte.
Team Dark hat von allen Teams den höchsten Schwierigkeitsgrad. In ihren Leveln tauchen mehr Gegner sowie Fallen auf. Ihre Extra-Missionen sind es, 100 Gegner zu zerstören. Während der Bosskämpfe überleben die Bosse länger und es gibt weniger Items. Ihr Team Blast ist Chaos Inferno.
In Sonic the Hedgehog (2006) wird das Team nie offiziell Team Dark genannt, jedoch tauchen sie erneut zu dritt auf. Sie kommen in Shadows Story vor und suchen gemeinsam nach dem Zepter der Dunkelheit um Mephiles the Dark aufzuhalten. Dabei arbeiten alle drei für eine geheime Organisation.